Después de muchas instalaciones, de incluso probar la black hole 3.0 y pasarme algo similar, creo que ya encontré lo que era ... aunque solo lo creo. Yo instalaba la 2.9 y comenzaba a usarla, y en cuestión de horas se me "destrozaba" todo al instalar la black hole me di cuenta que incluso se borraban ficheros y no podía acceder por FTP ... ha sido ponerle una contraseña a root y todo me va genial ... me da que era alguna máquina buscando, linux con root abierto y que se me colaba directamente en el deco y hacía su destrozo. Yo tenía los puertos redireccionados en el router, por lo que desde que la instalaba era accesible desde internet ...
Es la única explicación que le encuentro, porque me desaparecían los directorios y los ficheros.
PD: Muchas gracias por la versión 2.5